氮肥是利用滴灌系统施用最多的肥料。氮肥一般水溶性好，非常容易随着灌溉水滴入土壤而施入到作物根区。但如果控制不当，也很容易产生淋洗损失。由于滴灌流量小（单滴头：4-8升/小时），控制淋洗损头非常容易做到。如果灌溉，施肥均实施自动控制，则淋洗损头可完全避免。 　　在所有氮肥中，尿素及硝酸胺最适合于滴灌施肥。因为施用这两种肥料的堵塞风险最小，氨水一般不推荐滴灌施肥，因为氨水会增加水的PH值。PH值的增加会导致钙、镁、磷在灌溉水中沉淀，堵塞滴头。硫酸胺及硝酸钙是水溶性的，但也有堵塞风险。 　　如果连续施氮，灌溉系统停泵后，灌溉系统中水中仍长期会有氮，这时，氮的存在会滋养微生物在系统中生长，最后堵塞滴头。